Alcalá de Henares se ubica en el valle que riega el río Henares y que divide en dos partes bien diferenciadas. La izquierda, con suelos calcáreos, muestra marcadas erosiones,barrancos y cárcavas. Si la altitud sobre el nivel del mar en la ciudad es de 595 metros, los cerros que se levantan sobre esta margen suben hasta los 777 m., en el caso de San Juan del Viso, los 834 m. del Ecce Homo o los 870 m. del Aguileras. La margen derecha aparece escalonada en seis terrazas que se formaron durante el Pleistoceno, el Cuaternario antiguo y el moderno o aluvial. En la más baja de estas seis terrazas, por donde el río discurre dibujando meandros e islas, se asienta la población. No es de extrañar que la humedad relativa media alcance un 68%.
La hidrografía es más bien pobre. El Henares nace en Sierra Ministra y desemboca en el Jarama, afluente, a su vez, del Tajo. A lo largo de sus 150 kilómetros de recorrido le rinden tributo, en la provincia de Guadalajara, el Dulce, el Salado, el Bornova, el Cañamares, el Sorbe y el Badiel; el Camarmilla, el Bañuelos y el Torote, dentro de su término municipal y, más allá, el Ardoz. El Badiel y el Sorbe son los principales.
La climatología es de tipo mediterráneo con cierta influencia continental que determina primaveras breves y feraces, veranos muy calurosos con temperaturas que oscilan entre los 35 y los 40 grados, otoños largos, templados y apacibles e inviernos cortos y fríos aunque menos rigurosos de lo que es habitual en las dos Castillas. La temperatura media anual es de 13,1 grados y el índice de pluviometría varía entre los 350 y los 410 milímetros, siendo los meses más lluviosos marzo, abril y noviembre. Dicen también las estadísticas que 56 son los días de lluvia, 40 los días de escarcha y tres los de nieve.
La riqueza faunística y botánica de Alcalá es bastante mayor de lo que pueda parecer a simple vista. Sólo en el denominado Parque de los Cerros han sido catalogadas más de 400 especies arbóreas, arbustivas y herbáceas; y más de 150 especies de aves a las que habría que añadir, como es lógico, las correspondientes a los numerosos mamíferos corredores, anfibios, reptiles, insectos y demás invertebrados. Los biólogos distinguen en nuestros parajes cinco hábitats principales, algunos contigüos, algunos marcadamente distintos. Si comenzamos por el río y sus riberas hemos de saber que, bajo las aguas, se enseñorean las carpas (Cyprinus carpio) y las bernejuelas (Rutilos Arcasii) especies colonas que han ido sustituyendo a las autóctonas. La vegetación es más prolija y familiar. Está caracterizada por especies de hoja caduca y crecimiento rápido entre las que podemos destacar a los chopos, álamos blancos, olmos, fresnos y sauces; mimbreras y zarzamoras; enea, junco, carrizo y paloduz.
Entre carrizales, juncales y eneales, el carricero, la lavandera cascadeña y el ruiseñor bastardo ven entrar y salir del agua a pollas, fochas, zampullines, martines pescadores, garzas y ánades reales. Soto adentro, los habitantes de árboles y enramadas son el pito real, el picapinos, el mirlo y la abubilla; el ruiseñor, el jilguero, el verderón y la oropéndola; la tórtola y el halcón, el autillo y el águila calzada, por citar sólo a los más destacados. El terreno es para depredadores como el zorro, la comadreja o el tejón y no olvidemos al jabalí.
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