El dominio musulmán, que se inicia en el primer cuarto del siglo octavo, supuso el traslado del núcleo urbano del valle a los cerros. En el del Ecce Homo, cerca de la actual ermita del Val, se levantó una pequeña fortaleza (‘hisn’) que para el siglo X ya había alcanzado la categoría de castillo bajo el nombre de‘Qal’at’abd al Salam’ (castillo de Salam). La población islámica y mozárabe se estableció en dos arrabales, uno situado más arriba del castillo y otro frente a la torre principal. Esta torre es el único vestigio exterior de entidad que han legado los siglos. En su interior quedan rastros de silos y un aljibe de planta rectangular y bóveda de cañón. Se dice que en el subsuelo deben existir galerías por las que los musulmanes podían salir de la fortaleza inadvertidamente.
El año 1118 marca otro hito en la historia de Alcalá. Tropas cristianas al mando del arzobispo de Toledo, Bernardo de Sedirac, toman el castillo sarraceno a sangre y fuego y terminan con el dominio musulmán sobre los territorios complutenses. Debido a esta victoria, Alfonso VII donó la zona al arzobispado de Toledo, cuyos prelados serán señores de Alcalá durante 700 años. Muchos de ellos fijaron su residencia en la ciudad del Henares y se preocuparon por desarrollarla a nivel económico, cultural y arquitectónico.
De entre las personalidades que ocuparon el sillón arzobispal (Jiménez de Rada, Tenorio, Carrillo de Acuña, Mendoza, Fonseca) destaca la figura del Cardenal Cisneros, confesor de la Reina Isabel la Católica y fundador la Universidad en 1499. Con ello convirtió a Alcalá en el foco intelectual más importante de la época.
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